В миру Иоанн Макси́мович Максимóвич. Родился в 1651 году в городе Нежине в семье шляхтича Максима Васильковского. О детских и юношеских годах жизни Иоанна сведения не сохранились. В автобиографическом сочинении «Путник» об этом периоде своей жизни он только сообщает, что «от юности моея многое множество книг собрах и содержах яко драгое богатство».
В 1668—1675 годах он обучался в Киево-Могилянской академии и по её окончании был оставлен в ней преподавателем латинского языка. В 1675 году, вскоре после окончания академии, принял в Киево-Печерской лавре монашеский постриг с именем в честь святителя Иоанна Златоуста от архимандрита Иннокентия (Гизеля).
После смерти святителя Феодосия 24 ноября 1696 года решением рады Иоанн Максимович был избран черниговским архиереем. В Москву была направлена грамота от имени гетмана Ивана Мазепы с прошением к царю и патриарху о посвящении кандидата.
10 января 1697 года Патриархом Московским Адрианом в Успенском соборе Московского Кремля Иоанн был хиротонисан во епископа Черниговского с возведением в сан архиепископа, с 1711 года митрополит Тобольский и всея Сибири.
Известен своей миссионерской и богословской деятельностью. Основатель Черниговского коллегиума — прообраза духовных семинарий; автор многочисленных поэтических сочинений. Его перу принадлежит удивительный по богатству духовного опыта «Илиотропион, или Сообразование человеческой воли с Божественною волею», изданный в пяти книгах, «Феатрон поучительный царем, князем и владыкам», — об обязанностях властей, Наконец, вся его благоговейная душа отразилась в сочинении «Богородице Дево» и в книге «Богомыслие в пользу правоверных».
9 июня 1715 года Иоанн отслужил литургию, а затем устроил трапезу для духовенства и нищих, за которой сам прислуживал гостям. После удалился в свои покои, в которых на следующее утро был обнаружен умершим в молитвенном положении на коленях перед Ильинской Черниговской иконой Божией Матери. Тело святителя долгое время не предавали земле, ожидая возвращения из миссионерской поездки митрополита Филофея, который должен был возглавить погребение. Иоанн был погребён с отпеванием по монашескому чину в деревянном приделе Софийского собора в честь преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. Над его надгробием, вероятно, святителем Антонием (Стаховским), была помещена стихотворная надпись. Икона Богородицы, перед которой Иоанн молился перед смертью, была помещена в алтаре придела и стала почитаться чудотворной под именем Тобольский образ Божией Матери.
Прославлен в лике святителей 10 июня 1916 года (последняя канонизация синодальной эпохи в Российской Церкви); память — 10 июня по юлианскому календарю. В день памяти святителя с 1984 года совершается празднование в честь всех сибирских святых. Память святителя Иоанна совершается также в третью неделю по Пятидесятнице, в день празднования Собора Галицких святых и 20 сентября в Соборе Брянских святых.