Можно считать, что возрождение Белогорья началось в 1988 году, когда праздновалось 1000-летие Крещения Руси. С этого времени происходит бурный рост православных приходов. В Пермской епархии в 1985 году насчитывался всего 41 приход, а к 2002 — более 200. Только в 1989-1991 годах открыто 53 новых прихода и 2 монастыря, в том числе и Белогорский.
24 декабря 1990 года Пермский облисполком принял решение о передаче бывшего Белогорского Свято-Николаевского мужского общежительного монастыря управлению Пермской епархии Русской Православной Церкви.
29 января 1991 года Священный Синод удовлетворил прошение архиепископа Пермского и Соликамского Афанасия о благословении на открытие Свято-Николаевского монастыря на Белой горе, где была возобновлена монашеская жизнь.
18 мая 1991 года состоялся акт передачи зданий Белогорского монастырского комплекса в безвозмездное и бессрочное пользование Русской Православной Церкви.
26 мая 1991 года в верхнем храме Крестовоздвиженского собора прошло первое в возрождающемся монастыре богослужение.
15 апреля 1991 года игумен Варлаам (Александр Передернин), с благословения Святейшего Патриарха Алексия II, вступил на пост наместника Белогорского Свято-Николаевского монастыря. Это был самый трудный период начала восстановления Белогорской обители. За короткий срок, до своей кончины, отец Варлаам с немногочисленной братией проделали огромную работу. Главное — очищен от десятков тонн мусора огромный Крестовоздвиженский храм. Собрана братия числом в 10 человек. Потекли на Белую гору многочисленные паломники и благотворители.
В 1992 году в обители было заготовлено 25 тонн оцинкованного железа, 3 тонны железа на скобы, гвоздей около полутора тонн, лес, краски и т.д.
В мае 1993 года Крестовоздвиженский собор, два братских корпуса и мастерские были внесены в государственный список памятников градостроительства и архитектуры местного (областного) значения.
Осенью 1993 года архитектурной секцией областной администрации ВООПИиК, под председательством Кацко Г.Л., был разработан проект реставрации Крестовоздвиженского собора Белогорского монастыря. В этом же году началось строительство автодороги до Белой горы.
В январе 1995 года отца Варлаама не стало, а уже в мае на нескольких главах собора засияли кресты...
На многотрудный пост наместника Белогорского монастыря в декабре 1995 года был назначен игумен Даниил (Александр Ишматов). В период его деятельности (до февраля 2000 года) также многое было сделано. В 1995 году благодаря помощи Пермской областной администрации закончено строительство грунтовой дороги к храму, начались работы по реставрации Крестовоздвиженского собора.
В мае 1996 года монастырь посетил Алексий II, Святейший Патриарх Московский и Всея Руси.
В сентябре 1996 года Пермская областная администрация приняла постановление «Об оказании помощи в реставрации Белогорского Свято-Николаевского мужского монастыря».
С февраля 1997 года регулярно проходят Свято-Варлаамовские православно-миссионерские чтения, с 27 июля 1997 года ежегодно совершаются Крестные ходы из города Перми на Белую гору.
2 июля 1998 года на Белой горе состоялся торжественный чин канонизации священномученика Феофана, епископа Соликамского, и преподобномученика Варлаама Белогорского с убиенной братией обители. День их памяти установлен 25 августа (12 августа ст.ст.).
27 сентября 1998 года в праздник Воздвижения Креста Господня в Белогорском храме был освящен и вновь воздвигнут исторический Царский крест, уничтоженный в революцию. Проектировал его пермский архитектор Александр Метелев. Изготовлен исполин (10,66 м) на заводе горно-шахтного машиностроения из нержавеющей стали на средства благотворителей.
Одним из проектов миссионерской службы монастыря является проект «Благодарная память». При входе в верхний храм Крестовоздвиженского собора — стена, облицованная керамическими плитками, на которых имена людей и названия организаций, наиболее активно помогающих возрождению Белогорской обители. Кроме того, имена всех благотворителей, независимо от суммы вклада, вносятся в Книгу благодарения храма и в Летопись добрых дел.
В сентябре 1998 года создается Некоммерческий фонд поддержки воссоздания Крестовоздвиженского собора Белогорского монастыря «Белая гора». Председателем Попечительского совета вновь созданного Фонда был избран Игумнов Геннадий Вячеславович — губернатор Пермской области, а председателем правления и президентом Фонда — Рыбакин Владимир Ильич, генеральный директор ОАО «Уралсвязьинформ» (1998–2000 гг.).
22 июля 1999 года Градостроительным советом Пермской области одобрен генеральный план развития Белогорского монастыря, разработанный авторским коллективом «Институт Пермагропромпроект», который был награжден дипломом VI Международной выставки «Строительство и ремонт 2000» «за высокий профессиональный уровень и духовно-культурную общественную значимость».
На Рождество 2000 года во временной звоннице у Крестовоздвиженского собора были установлены девять колоколов, отлитых в Свято-Шартомском монастыре Ивановской епархии.
С февраля 2000 года наместником монастыря назначен архимандрит Вениамин (Василий Трепалюк), в сентябре 2001 г. — игумен Герасим (Юрий Гаврилович), а в марте 2003 г. — игумен Антоний (Виталий Щукин).
И за эти годы сделано было не мало. Закончено строительство автодороги с асфальтобетонным покрытием до Белой горы, продолжается строительство газопровода, завершается восстановление кровли, наружных стен и западного крыльца храма, строительство водозаборных сооружений (2 артезианские скважины), восстанавливаются Иконостасы и двери Крестовоздвиженского соборного храма, братский корпус № 2 и др.
Бывший губернатор Пермской области Игумнов Геннадий Вячеславович и действующий — Трутнев Юрий Петрович проявляют истинный интерес к Белогорскому монастырю и принимают активное участие в его возрождении.
В 1999–2002 годах за счет всех источников финансирования было выполнено проектно-изыскательских и строительно-восстановительных работ на сумму более 120 миллионов рублей, в том числе на строительстве автодороги 94 миллиона рублей.
С 14 апреля 2002 года у православных верующих Прикамья новый духовный пастырь — владыка Иринарх. Его рукоположение в епископы Русской Православной Церкви состоялось в Храме Христа Спасителя. Провел хиротонию Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II.
По инициативе Фонда «Белая гора» была разработана Программа восстановления Белогорского монастыря на 2002–2004 годы и утверждена епископом Пермским и Соликамским Иринархом в ноябре 2002 года.
31 мая 2003 года, по инициативе члена Попечительского совета Фонда «Белая гора» Добросоцкого Виктора Ивановича, в Москве учреждено Некоммерческое партнерство «Уральский Афон»
С приходом на Пермскую кафедру в 2010 году Высокопреосвященнейшего Мефодия, митрополита Пермского и Соликамского ускорились темпы восстановления Крестовоздвиженского собора Белогорского монастыря. Контроль за ходом реставрационных работ был передан епархиальному строительному отделу, который был создан в Пермской епархии Владыкой Мефодием.
Сейчас строительные работы в монастыре ведутся постоянно и в большом объеме. К концу 2012 года закончены штукатурные работы в Крестовоздвиженском храме, закончена побелка фасада, проведены работы по укреплению центрального купола собора, многочисленных окон и рам. В течении 2012 года были заменены полы в верхнем храме собора, проведен освежающий ремонт нижнего храма.
Кроме того, отремонтированы кровля и система вентиляции трапезной, работы велись внутри первого братского корпуса, который расположен рядом с храмом.
В настоящее время идут работы по ремонту кровли храма; работы со стороны западного крыльца, где по проекту будет располагаться церковная лавка.
Продолжается работа в скиту, почти завершены работы по строительству дома скитоначальника. Начато строительство гостиницы для паломников на территории деревни Белая Гора. Площадь гостиницы – 200 квадратных метров.
Приводятся в порядок хозяйственные постройки на территории монастыря; отремонтирована крыша гаража, проведена новая система отопления.
В 2013 году планируется возрождение сада рядом с купелью на северном склоне горы (до революции именно там располагался монастырский сад).
В 2011 году создан сайт Белогорского монастыря «Уральский Афон», начала издаваться ежемесячная газета «Голос долга».
На новый уровень вышло проведение ежегодных благотворительных концертов «Свет Белой горы». В 2012 году в нем участвовали «Бурановские бабушки».
В последние годы многое сделано и делается для возвращения верующим культовых зданий, оказывается помощь государства по их восстановлению, растет число благотворителей. Проводятся конференции и семинары на религиозные темы с участием священнослужителей и представителей органов власти, деятелей культуры, науки и общественности. Факт религиозно-нравственного пробуждения российского общества не отвергается сегодня даже теми, кто не желал бы видеть духовного обновления России. На положение религии в сегодняшнем обществе решающее воздействие оказывают две главные силы современности — наука и политика.
Только Храм остается тем местом, где мы друг к другу терпимы, снисходительны и нежны. Ведь сердце каждого человека в горести и в радости требует душевного участия и облегчения, независимо от его взглядов и дел.
